Atendiendo los principios del Modelo Integrado de Planeación y Gestión (MIPG), donde se prioriza la satisfacción al ciudadano; además la transparencia en todas las actuaciones del Servidor público con el precepto que los ciudadanos Colombianos tienen derecho a verificar que la administración pública y los particulares que representan servicios públicos cumplan su finalidad social y apliquen de manera transparente y eficiente los recursos públicos. Este derecho y deber es lo que conocemos como control ciudadano. Las actuaciones del Ministerio de Salud y Protección Social en ejercicio de sus funciones y misión son vigiladas por:
Contraloría General de la República (Control: fiscal)
La Contraloría General de la República (CGR) es el máximo órgano de control fiscal del Estado. Como tal, tiene la misión de procurar el buen uso de los recursos y bienes públicos y contribuir a la modernización del Estado, mediante acciones de mejoramiento continuo en las distintas entidades públicas.
La Constitución Política de 1991, en su artículo 267, establece que: "El control fiscal es una función pública que ejercerá la Contraloría General de la República, la cual vigila la gestión fiscal de la administración y de los particulares o entidades que manejan fondos o bienes de la Nación".
Evalúa los resultados obtenidos por las diferentes organizaciones y entidades del Estado, examina la razonabilidad de los estados financieros de los sujetos de control fiscal, tiene a su cargo establecer la responsabilidad fiscal de los servidores públicos y de los particulares, impone las sanciones pecuniarias que correspondan, procura, igualmente, el resarcimiento del patrimonio público, etc.
Procuraduría General de la Nación (Control disciplinario)
La Procuraduría General de la Nación es la Entidad que representa a los ciudadanos ante el Estado. Es el máximo organismo del Ministerio Público, conformado además por la Defensoría del Pueblo y las personerías.
Vigila el correcto funcionamiento de la función pública, para salvaguardar los derechos e intereses de los ciudadanos, garantizar la protección de los derechos humanos e intervenir en representación de la sociedad para defender el patrimonio público. Es la encargada de iniciar, adelantar y fallar las investigaciones que por faltas disciplinarias se adelanten contra los servidores públicos y contra los particulares que ejercen funciones públicas o manejan dineros del Estado, de conformidad con lo establecido en el Código Único Disciplinario o Ley 734 de 2002 y de acuerdo a lo establecido en el artículo 277 de la Constitución Política de Colombia de 1991.
Contaduría General de la Nación (Control contable)
La Contaduría General de la Nación es la entidad rectora responsable de regular la contabilidad general de la nación, con autoridad doctrinaria en materia de interpretación normativa contable, que uniforma, centraliza y consolida la contabilidad pública, con el fin de elaborar el Balance General, orientado a la toma de decisiones de la administración pública general, que contribuye a la gestión de un Estado moderno y trasparente.
De acuerdo con lo establecido en el Artículo 354 de la Constitución Política, al Contador General le corresponden elaborar el balance general y determinar las normas contables que deben regir en el país, conforme a la ley.
Asamblea Departamental (Control Político)
Las Asambleas Departamentales son corporaciones de elección popular que ejercen control político sobre los actos de los Gobernadores, Secretarios del Despacho, gerentes y directores de institutos descentralizados. Gozan de autonomía administrativa y presupuesto propio; En el Tolima esta conformadas por 15 diputados, de acuerdo al censo electoral del Departamento.